Deus Ex: Human Revolution donosi priču iz vremena pre događaja u prvom delu, čak i pre nego što su počele da se koriste nano-modifikacije. Nalazite se u ulozi Adama Jensena, specijaliste za obezbeđenje u korporaciji Sarif Industries, koja se bavi istraživanjem i razvojem kibernetskih biomodifikacija koje služe uglavnom za poboljšanje percepcije i borbenih sposobnosti. Ovakva poboljšanja, međutim, mogu sebi da priušte samo bogati i moćni, a u narodu se javlja pobuna pod vođstvom Humanity Fronta. Ovo je svet pun sukoba, zavera na najvišem nivou i neizbežnog nasilja – u jednom napadu na Sarif Industries Jensen je teško povređen i kompanija za koju radi spasava mu život ugrađujući mu najnovije modifikacije. Jensenov zadatak je da učini sve što može da sazna ko stoji iza napada, što će se pokazati kao nimalo lak posao jer nikad neće znati kome može da veruje. Posledice Jensenovih postupaka i odluka biće očigledne, uticaće na samu priču, na sudbinu likova, kao i na sam završetak.