Две су године прошле откако су Клод Страјф, Тифа Локхарт и Берет поразили снаге зла у лику Сефирота, две су године откако рушевине Мидгара остају као подсетник на жртве које су биле цена мира. Али, свет ће се ускоро суочити са новом претњом, Геостигмом, тајанственом заразном болешћу која напада децу, а шири се невероватном брзином. Тифа Локхарт у свом бару води склониште за децу која су заражена, а док Барет тражи алтернативне изворе енергије чува и његову ћерку Марлен. Непријатељи спремају ударац, а времена све мање. Клод, који је побегао од живота јунака како би време проводио у самоћи, мора да се врати и да се бори још једном...