Dve su godine prošle otkako su Klod Strajf, Tifa Lokhart i Beret porazili snage zla u liku Sefirota, dve su godine otkako ruševine Midgara ostaju kao podsetnik na žrtve koje su bile cena mira. Ali, svet će se uskoro suočiti sa novom pretnjom, Geostigmom, tajanstvenom zaraznom bolešću koja napada decu, a širi se neverovatnom brzinom. Tifa Lokhart u svom baru vodi sklonište za decu koja su zaražena, a dok Baret traži alternativne izvore energije čuva i njegovu ćerku Marlen. Neprijatelji spremaju udarac, a vremena sve manje. Klod, koji je pobegao od života junaka kako bi vreme provodio u samoći, mora da se vrati i da se bori još jednom...